A reggeli harmadik szabadedzésen Sam Lowes (Ducati) állította fel az eddigi hétvégi leggyorsabb időt 1:38.747 perces körével, ami egyben a Balaton Park Circuit pályarekordját is jelentette. Az angolhoz képest csak Toprak Razgatlioglu (BMW) és Andrea Locatelli (Yamaha) tudott 0,4 másodpercen belül maradni a MarcVDS versenyzőjéhez képest.
A Superpole helyi idő szerint 11 órakor kezdődött felhős, de száraz és meleg időjárási körülmények között. A hagyományos időmérő formátumban minden versenyző 15 percet kapott, hogy a legjobb idejét felállítsa.
Amikor a piros lámpa zöldre váltott, a mezőny nagy része azonnal pályára gurult, csak Andrea Iannone (Ducati) és Garrett Gerloff (Kawasaki) szálltak utolsóként motorra. Razgatlioglu állította fel az első értékelhető köridőt, mindjárt az első gyors körén 1:38.459-et teljesítve. A világbajnokot Locatelli, Sam Lowes és Danilo Petrucci (Ducati) követték, majd Xavi Vierge (Honda) bukása a második gyors kör elején sárga zászlós szakaszt eredményezett az 1-es kanyarban.
Kevés versenyző teljesített kettőnél több kört, és csak Razgatlioglu tudott javítani 1:38.369-es idővel, immár több mint fél másodperces előnnyel az üldözőihez képest. Nyolc perc elteltével a motorok már a boxban voltak, miközben a versenyzők a második próbálkozásra készültek fel, a Honda garázsában pedig lázas munka folyt Vierge Fireblade-jén.
A záró szakasz hat perccel a vége előtt kezdődött meg, ám amikor Tito Rabat hatalmasat bukott a 8-as kanyarban, és a Petronas Honda darabjai szétszóródtak a pályán, a Superpole-t piros zászlóval megszakították, mindössze 2:43 perccel a vége előtt. Az újraindításnál a mezőny visszatért a pályára, a kivezető kört figyelembe véve legfeljebb egy gyors kör megtételére volt lehetőség.
Végül Razgatlioglu minimálisan javított rekordján, 1:38.357 perces körrel. Sam Lowes a második helyen kvalifikált, Locatellit a harmadik pozícióba szorítva. A világbajnokság éllovasa, Nicolò Bulega (Ducati) javított és a második sort nyitotta, amely Petruccival és Iker Lecuonával (Honda) egészült ki.
A veterán Alvaro Bautista (Ducati) és Jonathan Rea (Yamaha) a 7. és 10. helyen végeztek.
Alex Lowes nem volt szerencsés, bukása után nem tudott javítani, de még így is 12. lett, mint a legjobb Bimota-versenyző. Garrett Gerloff a 14. helyen végzett az egyetlen Kawasakival.
Dominique Aegerter (Yamaha) a 13. rajtpozícióból kezdheti a versenyt.